Uganda võõrustab vanim ülikool Ida-ja Kesk-Aafrikas, mis on Makerere Ülikool. See ülikool on kesklinnas akadeemilise kvaliteedi aastakümneid mitte ainult Uganda õpilased, vaid ka teiste õpilaste piirkonnas. Uganda on üle 30 avalik-õiguslike ülikoolide.