Seal on palju kõrgkoolidele kogu Kõrgõzstani. See hõlmab ligi kolmkümmend seitse avalik-õiguslike ülikoolide ja kaheksateist eraülikoolide. Silmapaistev ülikoolide Kõrgõzstan hulka Ülikooli Kesk-Aasia ja Kirgiisi Riiklik Ülikool.